A la suite des évènements qui ont secoué le monde du cyclisme en 1998, le Comité international olympique a décidé d'organiser une Conférence mondiale sur le dopage en réunissant toutes les parties intéressées à la lutte contre le dopage.

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La première Conférence mondiale sur le dopage dans le sport, qui s'est tenue à Lausanne du 2 au 4 février 1999, a abouti à la Déclaration de Lausanne sur le dopage dans le sport. Ce document a arrêté la création d'une agence internationale antidopage indépendante se devant d'être opérationnelle pour les Jeux de la XXVIIe Olympiade en 2000 à Sydney. En vertu des termes de la Déclaration de Lausanne, l'Agence mondiale antidopage a été fondée le 10 novembre 1999 à Lausanne pour promouvoir et coordonner la lutte contre le dopage dans le sport sur le plan international.

L'AMA a été constituée en fondation à l'initiative du CIO, avec le soutien et la participation d'organisations intergouvernementales, de gouvernements, d'administrations et d'autres organismes publics et privés engagés dans la lutte contre le dopage dans le sport. L'Agence compte un nombre égal de représentants du Mouvement olympique et des gouvernements.